Generelt om smittesporing og slektskapsanalyser
Sekvensering av spesifikke deler av virusets eller bakteriens genom brukes til smittesporing. Deretter sammenstilles sekvensene mot tidligere identifiserte sekvenser, og ved hjelp av fylogenetiske analyser kan man si noe om slektskapet mellom de ulike variantene. Dette kan også fortelle oss noe om hvor smitten kan ha blitt introdusert.
Blue Analytics har eget utstyr for sekvensering, og utfører fylogenetiske (slektskapsbaserte) analyser som sammenfattes i en rapport.
Vi tilbyr spesifikke analyser for virusene nevnt under. Ta gjerne kontakt hvis du ønsker å få kartlagt andre agens.
ILAV
Virulenstest og slektskapsanalyser for smittesporing
Infeksiøs lakseanemi virus (ILAV) kan føre til sykdommen infeksiøs lakseanemi (ILA). Ved utbrudd av ILA blir det gjerne opprettet et kontrollområde av Mattilsynet for å bekjempe sykdommen og forhindre videre smitte.
ILAV er et enkelttrådet RNA-virus i familien Orthomyxoviridae. ILAV består av 8 RNA-segmenter og viruset eksisterer i en ikke-virulent form (HPR0), og en virulent form (HPRΔ). HPR er en forkortelse for Highly Polymorfic Region.
Mutasjoner i segment 5 (fusjonsproteinet) og segment 6 (hemaglutinin esterase) er assosiert med endring i virulens, og det er indikasjoner på at når endringer (delesjoner) på en spesifikk del av segment 6 (HPR-del) sammenfaller med mutasjon i segment 5 (fusjonsprotein), så kan klinisk sykdom oppstå i infisert fisk.
Det finnes også mellomfaser der viruset er mutert i segment 6 (HPRΔ), men ikke virulent siden det ikke er endring i segment 5.
Blue Analytics kan sekvensere ILAV-HPR og fusjonsproteinet, også ved lave virusmengder. Våre analyser kan benyttes til virulensverifisering og smittesporing.
IPNV
Slektskapsanalyser for smittesporing
Infeksiøs pankreas nekrose virus (IPNV) kan føre til sykdommen infeksiøs pankreas nekrose (IPN).
IPNV er et dobbeltrådet RNA-virus i familien Birnaviridae der genomet består av to segmenter (segment A og segment B). Segment A skiller de forskjellige IPNV-variantene fra hverandre, og koder for ytre- og indre- kappeproteiner av viruspartikkelen. I tillegg koder segment A for en protease og immundempende proteiner som hjelper viruset til å infisere verten.
For smittesporing kan vi tilby sekvensering av segment A fra positive IPNV-prøver.
SAV
Differensiering mellom ulike virusvarianter
Salmonid alfavirus (SAV) fører til sykdommen pankreassykdom (PD).
SAV er et enkelttrådet RNA-virus i familien Togaviridae. I Norge er det virusvariantene SAV2 og SAV3 som fører til sykdom hos laks og ørret.
Blue Analytics kan tilby sekvensering for å differensiere mellom de ulike SAV-variantene.